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基于SNP芯片的油菜核心种质遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为揭示湖南省油菜种质资源库中核心种质的遗传多样性，本研究利用油菜组60K基因芯片对266份甘蓝型油菜品系及其10份近缘种品系10份进行全基因组SNP位点分析，原始数据通过Visual Basic软件筛选，利用Powermarker软件计算SNP位点PIC值和供试材料的遗传距离、聚类分析。结果表明：根据SNP标记缺失率和染色体分布均匀度共筛选到24 593个SNP位点，平均每条染色体分布1 294个多态性位点，位点的Nei’s基因多样性指数（H）、主要等位基因频率（MAF）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.401、0.688 3、0.316;276份供试材料间遗传距离在0.000 1～0.477之间，平均为0.329 6,Kinship值为0的占71.49%；供试材料可分成5个大类，其中最大类（含有250份种质）又可分为9个亚类，供试材料的类群分布与种质类型、地理来源一致。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富，可更客观反映供试材料的亲缘关系，为种质资源的育种利用提供理论依据。
关键词： 油菜 近缘种品系 单核苷酸多态性（SNP） 遗传多样性 聚类分析
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油菜Pol-CMS Rfp候选基因区域SSR标记开发与应用
《分子植物育种 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：波里马细胞质雄性不育系(Pol-CMS)的育性受环境温度影响较大,在杂交制种过程中易自交结实产生假杂种,从而影响杂交种的纯度质量,在生产上对母本假杂种的检测是杂交种纯度鉴定的关键.本研究利用已公布的Pol-CMS候选恢复基因Rfp编码序列,通过在白菜型油菜和甘蓝型油菜基因组进行同源序列比对,然后基于Rfp候选基因区域同源序列开发恢复基因的特异SSR标记,并应用于油菜杂交种纯度鉴定研究.研究结果表明,利用已公布Pol-CMS恢复基因1 953 bp编码序列获取Rfp 在基因组所在区段,在该区域及上、下游15K区域共获得32个SSR位点;其中,1个位点在供试的Pol-CMS不育系和恢复系间具有多态性,该标记为共显性标记,在不育系中的扩增产物大小为162 bp,在恢复系中为184 bp;与不育系相比,恢复系的扩增序列存在一个15 bp和一个7 bp的片段插入;在'沣油737'的F2分离群体中,该标记与育性恢复性状呈共分离遗传;利用该标记对'沣油737'、'沣油320'和'沣油958'杂交制种样品的纯度鉴定结果与田间育性鉴定结果一致,表明本研究开发的SSR标记为Rfp基因紧密连锁的共显性标记,在Pol-CMS杂交品种的纯度鉴定应用中,可有效检测出混杂的父母本假杂种.本研究结果可为油菜杂交品种纯度鉴定与遗传多样性分析提供技术参考.
关键词： 油菜(Brassica napus L.);Pol-CMS;恢复基因;SSR
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